原臺南縣地形南北狹長，許多資源都集中在偏北的新營地區，民國74年李雅樵先生競選臺南縣長時，就提出均衡南北文化生態，設立南區文化中心的構想，並於78年著手規劃興建，直至87年3月8日當時的「南區綜合活動中心」正式啟用。

空間規劃上設置有演藝廳、美術館（現為第一畫廊、第二畫廊）、國際會議廳（現為多功能劇場）、囡仔館（現為兒童故事屋）、辦公室、露天表演廣場、駐館樂團練習室（111年4月增建）、餐飲空間等，提供溪南鄉親平等享受文化資源的機會，提升臺南縣整體文化水平。民國91年縣政府著手規劃組織改造，為更符合縣民需求及未來發展願景，活動中心於91年10月26日正式改制為「臺南縣政府南區服務中心」，並於92年10月26日成為二級機關。中心除原藝文活動外，並由縣府相關局處成立工商服務窗口及辦理機車考照等便民服務，以達為民服務、多元發展的目標。

民國99年12月25日臺南縣市合併，原「臺南縣政府南區服務中心」正式裁撤，更名為「臺南市歸仁文化中心」，主要以辦理藝文展演為主的藝文扎根業務，更在102年1月1日因應市府文化局組織內部調整，將臺南文化中心、歸仁文化中心及新化演藝廳一併納入市府文化局永華文化中心管理科統籌管理。

歷經民國107年1月至108年3月「歸仁文化中心國際會議廳場館提升暨環境改善工程」、109年5月至111年4月「歸仁文化中心整建工程」改善部分設備設施及參觀動線後，歸仁文化中心逐步由教育劇場轉型為中型專業劇場。　

歸仁文化中心目前提供展覽、演藝活動與全人的藝文教育，未來定位為「中型專業劇場」，企盼以藝文浸潤空間，讓資源有效運用，成為一個文化薈萃的展演空間。